Quy trình 8 bước kiểm soát hóa đơn đầu vào để tránh bị loại VAT khi thanh tra thuế

Hướng dẫn quy trình 8 bước kiểm soát hóa đơn đầu vào giúp doanh nghiệp tránh bị loại thuế GTGT khi thanh tra thuế. Phân tích chi tiết các bước kiểm tra hóa đơn hợp lệ và điều kiện khấu trừ VAT. Tham khảo Quy định mới về Thuế GTGT theo Thông tư 18/2026/TT-BTC

1. Kiểm tra thông tin doanh nghiệp trên hóa đơn

Ngay khi nhận hóa đơn, cần kiểm tra:

  • Tên doanh nghiệp

  • Mã số thuế

  • Địa chỉ

Ba thông tin này phải trùng khớp với đăng ký thuế của doanh nghiệp.

Ví dụ Kiểm tra thông tin doanh nghiệp trên hóa đơn

Hóa đơn ghi:

Công ty TNHH ABC
MST: 0101234567

Nhưng doanh nghiệp thực tế là:

Công ty CP ABC

→ Hóa đơn có thể không hợp lệ.

2. Kiểm tra trạng thái hoạt động của nhà cung cấp

Trước khi kê khai thuế cần tra cứu doanh nghiệp bán hàng trên cổng thông tin của Tổng cục Thuế hoặc sử dụng Giải pháp Quản lý Rủi ro hóa đơn của M-invoice để tự động ra soát hóa đơn giúp Doanh nghiệp chủ động phát hiện và xử lý

Cần đảm bảo doanh nghiệp:

  • Đang hoạt động

  • Không bị khóa mã số thuế

  • Không thuộc danh sách rủi ro.

Ví dụ Kiểm tra trạng thái hoạt động của nhà cung cấp

Nếu doanh nghiệp bán hàng:

  • không hoạt động tại địa chỉ đăng ký

thì hóa đơn của doanh nghiệp này rất dễ bị loại VAT khi thanh tra thuế.

3. Kiểm tra nội dung hàng hóa, dịch vụ

Nội dung hóa đơn cần rõ ràng:

  • Tên hàng hóa

  • Đơn vị tính

  • Số lượng

  • Đơn giá

Không nên chấp nhận hóa đơn ghi chung chung như:

  • “chi phí dịch vụ”

  • “chi phí hỗ trợ”

Những hóa đơn này thường bị cơ quan thuế đánh giá là không đủ căn cứ khấu trừ thuế.

4. Kiểm tra thời điểm lập hóa đơn

Thời điểm lập hóa đơn phải phù hợp với thời điểm giao dịch.

Ví dụ Kiểm tra thời điểm lập hóa đơn

Hàng hóa giao ngày: 01/04

Nhưng hóa đơn lập: 20/05

Trường hợp này có thể bị coi là xuất hóa đơn sai thời điểm.

5. Kiểm tra thuế suất và số tiền thuế

Cần rà soát:

  • thuế suất

  • số tiền thuế GTGT

Một số hàng hóa có thuế suất khác nhau:

  • 0%

  • 5%

  • 10%

Ví dụ Kiểm tra thuế suất và số tiền thuế

Doanh nghiệp mua thiết bị y tế:

thuế suất đúng: 5%

nhưng hóa đơn ghi: 10%

→ cần yêu cầu bên bán điều chỉnh hóa đơn.

6. Kiểm tra điều kiện thanh toán

Đối với hóa đơn có giá trị lớn, để được khấu trừ VAT cần:

thanh toán không dùng tiền mặt

Ví dụ Kiểm tra điều kiện thanh toán

Hóa đơn mua hàng:

  • giá trị: 100 triệu

  • VAT: 10 triệu

Nhưng doanh nghiệp thanh toán tiền mặt.

→ 10 triệu VAT đầu vào không được khấu trừ.

7. Lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch

Khi thanh tra thuế, cơ quan thuế thường yêu cầu:

  • hợp đồng

  • biên bản nghiệm thu

  • phiếu giao hàng

  • chứng từ thanh toán

Nếu chỉ có hóa đơn mà không có hồ sơ giao dịch, khả năng bị loại VAT rất cao.

8. Kiểm tra hóa đơn trước khi đưa vào tờ khai thuế

Trước khi kê khai cần rà soát lại:

  • Hóa đơn hợp lệ

  • Điều kiện khấu trừ

  • Dữ liệu nhập đúng trên phần mềm kế toán

Đây là bước cuối giúp tránh việc kê khai sai thuế GTGT đầu vào.

Kết luận

Trong quản trị thuế, một nguyên tắc rất rõ ràng:

Hóa đơn hợp lệ chưa chắc đã được khấu trừ VAT, nhưng hóa đơn không hợp lệ chắc chắn bị loại.

Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát hóa đơn đầu vào để:

  • Giảm rủi ro thuế

  • Tránh bị truy thu VAT

  • Hạn chế phát sinh tiền phạt.

Một quy trình kiểm soát tốt có thể giúp doanh nghiệp giảm phần lớn rủi ro khi thanh tra thuế. Giải pháp Quản lý rủi ro hóa đơn mSMI đã giúp hơn 50.000 Doanh nghiệp chủ động phòng tránh rủi ro về hóa đơn điện tử.