Lệ phí Môn bài hiện hành được quy định tại Nghị định số 139/2016/NĐ-CP (ban hành ngày 04/10/2016), có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2017 và Nghị định số 22/2020/NĐ-CP (ban hành ngày 24/02/2020, sửa đổi, bổ sung Nghị định số 139/2016/NĐ-CP), có hiệu lực ngày 25/02/2020.
Để các quy định về Lệ phí Môn bài được hệ thống thống nhất, đơn giản, dễ tìm hiểu, áp dụng có hiệu quả, Bộ Tài chính đã ban hành văn bản số 20/VBHN-BTC hợp nhất quy định của hai Nghị định trên. Theo quy định tại Pháp lệnh số 01/2012/UBTVQH13 về Hợp nhất văn bản quy phạm pháp luật, ban hành ngày 22/3/2012, Bộ Tài chính là cơ quan chủ trì soạn thảo văn bản về Lệ phí Môn bài nên cũng là cơ quan soạn thảo hợp nhất văn bản sửa đổi, bổ sung và văn bản được sửa đổi bổ sung. Văn bản số 20/VBHN-BTC không thay thế 2 Nghị định về Lệ phí Môn bài, kể cả về hiệu lực thi hành. 
Cụ thể, các trường hợp được miễn lệ phí môn bài từ 2 Nghị định trên được văn bản hợp nhất này tổng hợp như sau:
Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh có doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh không thường xuyên, không có địa điểm cố định theo hướng dẫn của Bộ Tài chính; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất muối, điểm bưu điện văn hóa xã, cơ quan báo chí (báo in, báo nói, báo hình, báo điện tử);
Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (bao gồm cả chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định của pháp luật về hợp tác xã nông nghiệp;
Quỹ tín dụng nhân dân; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và của doanh nghiệp tư nhân kinh doanh tại địa bàn miền núi. Địa bàn miền núi được xác định theo quy định của Ủy ban Dân tộc.
Miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập hoặc ra hoạt động sản xuất, kinh doanh (từ 1/1 đến 31/12) đối với:
Tổ chức thành lập mới (được cấp mã số thuế mới, mã số doanh nghiệp mới); hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu ra hoạt động sản xuất, kinh doanh; trong thời gian miễn lệ phí môn bài, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh thì chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh được miễn lệ phí môn bài trong thời gian tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân được miễn lệ phí môn bài.
Doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển từ hộ kinh doanh (theo quy định tại Điều 16 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa) được miễn lệ phí môn bài thời hạn 3 năm kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Cơ sở giáo dục phổ thông công lập và cơ sở giáo dục mầm non công lập.
