Nghị định 359/2025/NĐ-CP: Sửa đổi quy định thuế GTGT với nông sản từ 01/01/2026

Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng. Nghị định này có hiệu lực từ 01/01/2026, tác động trực tiếp đến doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ kinh doanh hoạt động trong lĩnh vực mua bán nông sản, lâm sản, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường

Tải về Nghị định 359/2025/NĐ-CP

1. Phạm vi điều chỉnh của Nghị định 359/2025/NĐ-CP

Nghị định 359/2025/NĐ-CP tập trung sửa đổi, bổ sung quy định về thuế GTGT tại khâu kinh doanh thương mại đối với các sản phẩm:

• Cây trồng

• Rừng trồng

• Chăn nuôi

• Thủy sản nuôi trồng, đánh bắt

với điều kiện chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường. Đây là nhóm hàng hóa rất phổ biến trong chuỗi cung ứng nông nghiệp – thủy sản, nên quy định mới ảnh hưởng trực tiếp đến kê khai thuế, khấu trừ thuế và hoàn thuế GTGT của nhiều doanh nghiệp.

2. Bổ sung khoản 1b Điều 4: Không phải kê khai thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ

2.1. Trường hợp KHÔNG phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

Theo khoản 1b Điều 4 (bổ sung):

• Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua các sản phẩm nông – lâm – thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế,

• Sau đó bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác,

➡️ Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT ở khâu bán ra,

➡️ Nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Đây là điểm rất quan trọng, vì trước đây nhiều đơn vị hiểu sai rằng “không kê khai” thì đồng nghĩa “không được khấu trừ”.

3. Phân biệt nghĩa vụ thuế GTGT theo từng đối tượng bán hàng

Nghị định 359/2025/NĐ-CP chia rất rõ 3 kịch bản để tránh nhầm lẫn:

3.1. Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ – bán cho doanh nghiệp khác

• Bán nông sản chưa chế biến/ sơ chế

• Bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp HTX khác

• Ở khâu kinh doanh thương mại

➡️ Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

3.2. Doanh nghiệp nộp thuế khấu trừ – bán cho hộ, cá nhân hoặc đối tượng khác

• Bán cho hộ, cá nhân sản xuất kinh doanh

• Hoặc tổ chức, cá nhân khác (không phải DN/HTX)

➡️ Phải tính thuế GTGT với thuế suất 5%

(theo khoản 3 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP)

3.3. Hộ, cá nhân, DN nộp thuế theo phương pháp trực tiếp

• Khi bán nông sản chưa chế biến/ sơ chế

• Ở khâu kinh doanh thương mại

➡️ Tính thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu

👉 Điểm mấu chốt: Phương pháp tính thuế quyết định cách tính thuế, không phải chỉ bản chất hàng hóa.

4. Bãi bỏ quy định cũ: Điều chỉnh chính sách hoàn thuế

Nghị định 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ:

• Khoản 3 Điều 37

• Khoản 3 Điều 39

của Nghị định 181/2025/NĐ-CP

Điều này nhằm đồng bộ lại điều kiện hoàn thuế GTGT, giảm xung đột và cách hiểu khác nhau giữa doanh nghiệp – cơ quan thuế.

5. Quy định chuyển tiếp về hoàn thuế GTGT trước 01/01/2026

Một điểm rất “nhân văn” và thực tế:

• Doanh nghiệp đã nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT trước 01/01/2026,

• Cơ quan thuế đã tiếp nhận hồ sơ nhưng chưa ban hành quyết định hoàn,

➡️ Không bắt buộc phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất

nghi-dinh-359-2025-nd-cp

Điều này giúp tránh hồi tố bất lợi cho doanh nghiệp đang chờ hoàn thuế.

6. Hiệu lực thi hành

• Hiệu lực từ: 01/01/2026

• Áp dụng thống nhất trên toàn quốc

• Các bộ, ngành, UBND các cấp và tổ chức, cá nhân liên quan chịu trách nhiệm thi hành

7. Doanh nghiệp cần làm gì để không sai từ 2026?

Checklist nhanh cho kế toán – thuế:

• Rà soát đối tượng mua – bán nông sản (DN hay hộ/cá nhân)

• Xác định phương pháp tính thuế GTGT đang áp dụng

• Kiểm tra lại luồng hóa đơn – khấu trừ – hoàn thuế

• Cập nhật quy trình kê khai thuế GTGT từ 01/01/2026

• Đào tạo lại kế toán bán hàng, kế toán thuế

Tải về Nghị định 359/2025/NĐ-CP

Keyword: Nghị định 359/2025/NĐ-CP, thuế GTGT nông sản 2026, không kê khai thuế GTGT nhưng được khấu trừ, thuế GTGT 1% theo doanh thu, thuế GTGT 5% nông sản, hoàn thuế GTGT 2026, doanh nghiệp bán nông sản có phải kê khai thuế GTGT không, nông sản chưa chế biến chịu thuế GTGT bao nhiêu, quy định mới về thuế GTGT nông nghiệp từ 2026